目前本校已發展為6個學院、15個學系、12個獨立研究所、26個碩士班、17個博士班，教學、研究、服務與推廣並重之綜合大學；專業研究計畫案件數與金額由78年改大的100件6,500萬元，增加至2008年之860件5.4億元臺幣，SCI期刊由改大前之70餘篇，增加至2008年之420篇；本校之校刊-海洋學刊也順利成為國內大學第一個雙I（SCI與EI）引用之期刊。近5年來更榮獲教育部「五年五百億發展國際一流大學及頂尖研究計畫」之重點補助學校之一；同時也連續5年獲得教育部教學卓越計畫之補助。另外，本校亦獲得教育部「大專校院發展區域產學連結績效計畫」生技醫療類之獎助，建構海洋產學平臺，設立智財發展中心。

海大是一所以發展海洋科技與海洋事業為主的高等學府，全球少有的海洋綜合大學，對我國運輸物流科技與管理、海洋生物科技、海洋漁業、水產養殖、海洋科學與工程、海洋系統工程與造船科技、海洋機電、海洋通信、海洋事務與法律、海洋文化等面向均扮演極為重要的角色並貢獻卓著。現今，海大的教學質與量、科研能力和水準不斷提高，承接與推廣重大科研項目、能力不斷增加，服務社會與產學合作能力不斷提昇，獲得國內外獎項之老師逐漸增加；同時我們亦致力營造豐富而多采多姿的校園優質文化，加強德育工作，活絡學生社團活動。然而在這個全球環境快速變遷的時代，國內外高等教育的競爭日益激烈，海大必須與時俱進，提昇海大的競爭力已是刻不容緩的事，為了百尺竿頭更進一步，我們除了積極籌建館舍，擴充教學與研究資源外，更有鑑於21世紀是海洋世紀，海大將朝向與國內其他大學錯位發展，擘畫超越競爭的藍海策略，發展海洋捨我其誰，海大今後的發展主軸將以「藍海世紀、海大領航」為標竿，我們將戮力於七個面向，以不畏艱難的海大傳統精神全力以赴：（1）持續強化優勢領域，拓展新興領域；（2）統籌協調發展，合理分配資源；（3）鼓舞師生士氣，凝聚向心力；（4）推動團隊合作，促進跨領域研究；（5）推動教育改革，實施創新教學；（6）促進師資團隊成長，強化行政團隊；（7）積極促進國際化，強化國際學生教育。

擁抱海洋、心懷藍天、放眼天下，本校將以更積極、更多元化、更有彈性與更活潑的辦學態度而持續努力，朝頂尖一流大學的目標邁進，成為世界頂尖的海洋大學。