目前海洋大學設有海運暨管理、生命科學、海洋科學與資源、工、電機資訊以及人文社會科學等六個學院，下設十五個學系，其中十四個學系設有碩士班，九個學系設有博士班；以及九個獨立研究所皆設有碩士班，其中有六所有博士班。現有專任教師三百餘人，當中88％以上具有博士學位。海大為提昇教學及研究水準，除陸續延攬優秀師資來校任教外，並依據本校總體發展目標，在教學方面，加強通識教育與專業訓練之配合，設計具基礎性與特色性專門學程；在學術研究方面，則致力於研究所素質的提昇，積極推動跨院所系之大型研究計畫，並促進國際學術交流與合作。而行政方面相關措施亦配合推動，以充分支援學術與研究需要。

在整體發展的規劃下，海大除繼續發展海運暨管理、生命科學、工程以及海洋科學與資源領域外，亦將強化電資高科技與人文社會科學之發展。海運暨管理方面，將加強通訊、操船、輪機、自動控制、導航、貨載管理、法商管理等之教學與研究。生命科學方面，在教學上，以傳授基礎生命科學、生物技術、食品科技以及海洋資源保育、管理經濟知識；在研究上，利用生物化學、分子生物學與傳統生物學之方法，以動物、植物及微生物為材料進行生理、遺傳、型態、分類、生態研究以及生物技術之應用研發、資源之開發、利用與管理之研究。同時加強生命科學之基礎研究，並自94年新設立生命科學系。工程方面，將配合海運、生命科學、海洋科學與資源學院相關學術之發展，推動海洋遙測、水中聲學、海下技術、河海工程、造船工程、螺槳空蝕、材料工程等之海洋科技的教學與研究。有鑒於電資高科技為國家發展的重點，故整合原有之電機、資訊工程、光電、及通訊導航相關系所成立電機資訊學院。海洋科學與資源方面，重視基礎理學教學與研究，並著重海洋物理與波浪、海洋生物與化學、海洋地質、海洋變遷、板塊運動、斷層監測、古氣候/古海洋、地理資訊系統等方面之研究，另積極拓展光電、資訊、奈米領域之研究。

至於有關技職體系之強化，將結合海運暨管理、生命科學院及工、海洋科學與資源等學院之系所，提供海事水產技職學生之進修管道。此外，並將擴展人文社會學院，使海洋大學能均衡發展，成為一所以海洋專業、科技及人文三者並重的綜合大學。擁抱海洋、心懷藍天、放眼天下，海洋大學將以更積極、更多元化、更有彈性與更活潑的辦學態度，迎接新世紀。