民國八十年創設（碩士班）。

民國八十四年成立博士班。

邵廣昭 教授（80.8—83.7）

劉秀美 教授（83.8—86.7）

黃將修 教授（86.8—89.7）

程一駿 教授（89.8—92.7）

陳天任 教授（92.8—95.7）

張　正 教授（95.8－迄今）

本所成立之宗旨在積極從事海洋生物基礎研究，推動國內外學術研究合作以培育高級海洋生物人才，並提昇我國海洋生物研究之國際水準。由於台灣四面環海，海洋生物資源豐富，國人對海洋生物及漁業資源過去之利用與開發甚多，但卻缺乏基礎之調查、研究規劃及適當之保育及管理，以致有物種趨於絕滅及資源面臨枯竭之危機。因此積極培育更多基礎海洋生物之高級研究人才來投入海洋生物分類、生態、生活史、演化、資源狀況、與保育等各方面之研究，才能使目前國內海洋生物及海洋生態環境得以振衰起蔽。

(1)有效訓練培育高級研究人才。

(2)加強基礎研究提昇我國海洋科學學術地位。

(3)重視理論與實際應用之結合，以協助政府利用與保育海洋生物資源。

(4)支援本校生命與資源科學院或理工學院各系所之生物教學及推動跨系所之合作研究。

(1) 海洋生物之基礎生物學，含行為、生理、生化、生活史等。

(2) 海洋生物系統分類、地理分佈。

(3) 海洋生物之生態與進化。

(4) 海洋生物資源之保育。

(5) 海洋生物之應用與環保科技。 

　　本所師資陣容堅強，老師們的專長涵蓋海洋生物之微生物、浮游植物、浮游動物、藻類、海洋無脊椎動物、魚類及底棲生態等各領域，同時亦各兼具生理、行為、生化、分子生物、統計、遺傳、電腦、環境、海洋等不同學門的專長，故不但可傳授學生完整之海洋生物知識，同時亦可以團隊合作方式進行整體之海域生物或生態、資源等之調查、研究與評估工作。海洋生物種類甚多，國內在分類與生態方面基礎研究之專門人才不足，故本所未來將持續以分類與生態為本所研究與發展之特色，以支援國內各項與海洋生物相關之漁業、工業、醫藥、教育、環保、經建等相關之研究發展與資源之開發利用。

　　將秉持現有的基礎，持續進行分類與生態方面的研究，將研究區域由國內擴展至其他地區、期以全球性的角度來審視我們所關心的問題，除了獨立進行研究外，並尋求國際合作的機會，積極與國內外各相關學校或研究機構有更密切的合作，建立更多的合作性研究，以提昇我國海洋科學學術地位。

　　將爭取更多的教授員額及人力資源來從事研究及教學工作，並重視理論與實際應用之結合，協助政府利用與保育海洋生物資源；同時擬設置海洋生物專業諮詢機構，以提供學術界及業界相關資訊。

　　持續積極培育基礎海洋生物之高水準研究、教學與管理人才，以投入海洋生物分類、生態、生活史、演化、資源狀況與保育等各方面之研究，並鼓勵師生能多多參與國內外學術活動及發表研究成果於國際性的著名學術期刊雜誌，藉以推動本所成為國際公認的著名研究所為目標。